Thật hết sức trớ trêu! Trong khi ngài đang nỗ lực làm trung gian hoà bình giữa thập tự quân và vua hồi giáo, một sứ giả đến từ nước Ý báo cho ngài biết trong khi ngài vắng mặt, nội bộ huynh đoàn đã bất hoà trầm trọng và các anh em thân cận của ngài đang khổ tâm.
        Đây là sự thất bại trên mọi chiến tuyến. Hoạ vô đơn chí, đôi mắt viêm nhiễm vì mặt trời nóng bỏng nay khiến ngài hầu như mù loà và rất đau đớn.
       Tổn thương trong tâm hồn cũng như trong thân xác, ngài trở về nước Ý trong thảm hại. Ngài tìm gặp những anh em lạc lối.
          Ngài tạm thời rút lui vào một ẩn viện cô tịch. Đó là giây phút đen tối nhất trong cuộc đời ngài. Ngài không còn biết rõ Thiên Chúa chờ đợi gì nơi ngài. Ngài có cảm tưởng người ta muốn giật ngài ra khỏi Hội Dòng và lôi kéo ngài xa rời ơn gọi ban đầu. Bấy giờ, ngài cảm nghiệm những giây phút bất an, buồn phiền và cả sự nổi giận nội tâm.
      Cơn khủng hoảng ấy, càng trầm trọng hơn vì bệnh tật, quả là một thử thách nghiêm trọng. Thiên Chúa đợi ngài ở đấy. Thánh Phanxicô được mời gọi tiến tới một sự trần trụi tối thượng, một sự nghèo khó triệt để. Một sự nghèo khó không chỉ liên quan đến của cải vật chất, nhưng đụng chạm đến bản chất thâm sâu nơi con người .
      Bên trong con người có một ý muốn chiếm hữu, bởi đó con người chiếm làm của riêng điều thiện hảo mình thực hiện và vênh vang vì nó. Không phải vô cớ mà trong suốt các thư văn, thánh Phanxicô tố giác cái ý muốn khiến chúng ta tự xưng là thầy và chủ nhân các điều thiện chúng ta làm; không phải vô cớ mà ngài nhận thấy trong sự bối rối và tức giận những dấu chỉ chắc chắn của sự chiếm hữu thầm kín ấy. Chính ngài đã có kinh nghiệm đó; ngài có kinh nghiệm về cơn cám dỗ bối rối và tức giận. Và Chúa đã chỉ cho ngài biết ngài phải truất hữu chính công trình của ngài – đó là huynh đoàn mà ngài nhiệt tâm gầy dựng – để chính mình trở thành công trình của Thiên Chúa: “Hỡi con người nhỏ bé, thấp hèn và dốt nát, hãy nói cho ta biết vì sao người khổ tâm như thế? Ai đã gieo trồng hội dòng anh em? Chẳng phải ta sao? Ta đã chọn ngươi là kẻ đơn sơ và dốt nát để ngươi và anh em ngươi biết rằng chính ta sẽ chăm sóc cho đoàn chiên của ta. Vậy ngươi chớ buồn phiền nữa” (Truyện ký Pêrudia 86)
       Thánh Phanxicô tin tưởng lời Chúa. Và với đức tin của người nghèo, ngài trao phó hoàn toàn Hội Dòng cũng như bản thân trong bàn tay Thiên Chúa (“Lạy Chúa con, Lạy Chúa con, Chúa là ai? Và con là ai?) Yêu và yêu nhiều đều chưa đủ. Phải học trở nên nghèo khó trong tình yêu, nhất là trong tình yêu. Không chiếm hữu sự gì. Không chiếm hữu người nào. Bấy giờ, tình yêu mới đạt tới đỉnh trọn lành.