Tiến trình huấn luyện trong Dòng Anh Em Hèn Mọn Viện Tu dựa trên chính kinh nghiệm được Thiên Chúa huấn luyện của thánh Phanxicô, Đấng sáng lập Dòng. Cụ thể, tiến trình này bao gồm các giai đoạn sau:
- Giai đoạn khởi đầu (1 năm)
Người tìm hiểu bắt đầu hành trình Phan Sinh của mình bằng việc đáp lại lời Chúa Kitô mời gọi "Hãy đến mà xem".
- Giai đoạn thỉnh sinh (2 năm)
Sau công việc khởi đầu làm rõ ơn gọi, ứng sinh đơn sơ và vui vẻ từ bỏ lối sống cũ, đào sâu các giá trị căn bản của đức tin Kitô giáo và tiếp nhận lối sống Phan sinh một cách ý thức hơn qua việc cảm nghiệm mình thuộc về một gia đình tu trì mới. Giai đoạn này thường kéo dài 1 năm và tối đa là 2 năm. Ứng sinh được học về cầu nguyện, giáo lý; trau dồi kĩ năng tiếng Anh…
- Giai đoạn Tập Viện (1 năm)
Hết 2 năm thỉnh sinh, ứng sinh sẽ được khảo sát để được nhận vào tìm hiểu tại Tập Viện Thánh Phanxicô.
Sau 1 năm tập viện, tập sinh sẽ được tuyên khấn lần đầu và chính thức bước vào giai đoạn học tập tại Học viện.
Thánh Lễ tuyên khấn lần đầu và Trọng thể năm 2021
- Giai đoạn Học Viện
3 năm triết học
1 năm thực tập tông đồ
Học viên được bề trên sai đi phục vụ trong các sứ mạng tông đồ của tỉnh Dòng hoặc quốc tế chứ không chỉ đơn thuần là đi giúp xứ.
4 năm thần học
Sau khi hoàn tất 1 năm thực tập tông đồ, học viên sẽ trở lại Học Viện để theo học chương trình thần học.
Thông thường, sau khi hết giai đoạn huấn luyện cơ bản, học viên phó tế sẽ được trao tác vụ linh mục.
Thánh Lễ trao tác vụ linh mục 2021
- Giai đoạn huấn luyện chuyên môn
Các tu sĩ sẽ được bề trên gửi đi học các chuyên ngành cả khoa học thánh lẫn khoa học đời tùy theo nhu cầu tông đồ của Tỉnh Dòng.
+ Trong Dòng Anh Em Hèn Mọn Viện Tu có ơn gọi linh mục và tu huynh. Nếu Chúa gọi ai đó ở ơn gọi nào, thì người đó sẽ nhận ra và đáp lại tiếng Chúa sống trong ơn gọi đó. Một người sống ơn gọi tu huynh, khi họ nhận ra tiếng Chúa gọi họ. Một tu huynh trong Dòng Anh Em Hèn Mọn Viện Tu, không có nghĩa kiến thức của người đó thua kiến thức của một linh mục, không có nghĩa rằng người đó không thông minh bằng một linh mục, cũng không có nghĩa người đó kém thánh thiện hơn một linh mục.
Các học viên tu huynh cũng có chung chương trình huấn luyện như các học viên khác, trừ 1 số môn học liên quan đến chức thánh.